"En el caso de viviendas de naturaleza ganancial, las cantidades satisfechas con cargo a la sociedad de gananciales por un matrimonio en régimen de sociedad legal de gananciales, se atribuirán a cada cónyuge al
50 por 100.
En caso de vivienda de titularidad compartida, cada copropietario de la vivienda podrá practicar la deducción por las cantidades que haya satisfecho por la realización de las obras en la parte que proporcionalmente se corresponda con su porcentaje de titularidad en la vivienda habitual, con independencia, de que la factura correspondiente a las obras se haya expedido únicamente a nombre de uno de los cotitulares de la vivienda"
Sobre lo que preguntas del pago, no hay problema, los certificados están incluidos entre las cosas que te puedes desgravar, que no constara en el presupuesto da igual (ese papel no te lo van a pedir en cualquier caso). Del mismo enlace que te puse al principio también se puede leer:
"A estos efectos, se considerarán como cantidades satisfechas por las obras realizadas aquellas necesarias para su ejecución, incluyendo los honorarios profesionales, costes de redacción de proyectos técnicos, dirección de obras, coste de ejecución de obras o instalaciones, inversión en equipos y materiales y otros gastos necesarios para su desarrollo, así como la emisión de los correspondientes certificados de eficiencia energética."