Si calientas por gas en principio poco afectaría la fotovoltaica, salvo para la refrigeración en verano.Por cierto, al margen de la injusticia o no de los incentivos vía desgravaciones, otra cosa que tampoco se tiene en cuenta es que si vas a mejorar aislamientos, lo más probable es que por sí solos no lleguen al 30% de reducción necesario para que te apliquen la desgravación del 60%, pero si le metes fotovoltaica, casi seguro llegas.
De todas formas, lo de los certificados es un pitorreo, el que te lo haga te va a poner lo que necesites. Ya conozco varias personas que siguen calentando con gas, y que tienen un certificado A, cuando el consumo de energía no renovable que hacen es exactamente el mismo.